本发明公开一种基于PDMS模板的沟槽阵列电解加工系统及方法，其中方法包括：a、制作夹具，b、制作带有沟槽结构的阴极工具；c、制作PDMS模板；c、将PDMS模板嵌入阴极工具的沟槽中；d、装夹PDMS模板、阴极工具和阳极工件；d、阳极工件和阴极工具分别连接电源正负极；e、向夹具内通入电解液，电解液压强大于0.1MPa；f、接通电源，进行电解加工。采用本方法进行电解加工，阴极工具固定PDMS模板的位置，保证所加工沟槽的宽度均匀，同时PDMS模板与阳极工件紧密接触，有利于提高沟槽阵列的电解加工精度；由于PDMS模板可以重复使用，该方法提高了沟槽阵列的加工效率。