本发明公开一种多智能体编队跟踪控制方法及系统。该方法包括：获取各个智能体的位置；根据各个智能体的位置确定领航者、跟随者以及各跟随者相对领航者的位置状态，从而得到智能体编队；引入增广对象，建立智能体编队的故障和饱和模型；以领航者的状态为参考，确定利用故障和饱和模型实现时变编队跟踪的目标函数；利用一阶滤波器的输出信号和增广对象的输出信号建立饱和约束下的自适应容错控制律，确定控制律的参数，得到自适应容错和抗饱和控制律；以目标函数为控制目标，按照自适应容错和抗饱和控制律对各个智能体进行控制。本发明的方法及系统，保证多智能体编队跟踪误差的收敛性，即便在发生故障时控制信号在执行器的饱和边界之内。