本发明公开了一种基于喷水推进器的船艇矢量控制系统及方法，该系统包括双动力推进集成单元和矢量控制单元；双动力推进集成单元用于伺服控制双喷水推进器，实现对船体的转向以及前进后退档位的控制，双动力推进集成单元还用于控制双柴油机的油门启停，实现对船体的启停以及航速的控制；矢量控制单元包括组合惯性导航设备和矢量控制器，其中，组合惯性导航设备用于实时采集和监视船体的姿态和位置，矢量控制器用于根据船体的载荷分布情况以及推进特性曲线估算初始的动力配置参数，并根据组合惯导数据实时闭环自动调节船体的姿态和位置，实现包括船体指定方向平移、原地旋转、定点镇定的柔性动作。