本发明涉及基于双层模板的微坑阵列电解系统与方法及模板制备方法，属微细电解加工领域。该方法包括：a、制作阴极工具（6）和夹具（5）；b、制作具有通孔阵列的双层模板（9）；c、将双层模板（9）贴在阳极工件（4）上表面，使用夹具（5）将阴极工具（6）、阳极工件（4）和双层模板（9）装夹在一起；d、阳极工件（4）和阴极工具（6）分别连接电源（8）正负极；e、向夹具（5）内通入电解液（7），电解液压强大于0.4 MPa；f、接通电源（8），进行电解加工。采用本方法进行电解加工，既利用环氧树脂模板的刚度提高了微坑阵列的加工稳定性，又利用PDMS模板的柔性促使PDMS模板紧密贴合在阳极工件表面，提高加工精度。