本发明提供了一种船用混合动力系统，包括柴油发动机、离合器、电机、齿轮箱和螺旋桨，柴油发动机的输出端连接离合器的一端，离合器的另一端通过第一联轴器连接电机的输入端，电机的输出端通过第二联轴器连接齿轮箱的输入端，齿轮箱的输出端连接螺旋桨，柴油发动机、离合器、电机、齿轮箱和螺旋桨依次同轴排列放置；柴油发动机、离合器、电机分别与相应的发动机控制器、离合器控制器、电机控制器一一对应连接，电机控制器与电池管理系统相连接，发动机控制器、离合器控制器、电机控制器和电池管理系统均与整船控制系统相连接，所述齿轮箱与整船控制系统通过信号相连接。本发明结构简单紧凑，具有两种工作模式，具有节能与环保的优点。