本发明涉及无人船技术领域，具体涉及一种两栖无人船载无人机系统及无人机起降方法，其中两栖无人船载无人机系统包括无人船、无人机和载机平台，无人船上设有船载控制器，载机平台包括横转系统和纵夹系统；横转系统包括履带和横转电机，船载控制器通过驱动横转电机使履带转动，以调整无人机相对无人船中轴线的位置；纵夹系统包括夹杆和纵夹电机，船载控制器通过驱动纵夹电机使夹杆移动，将无人机夹紧固定。本发明提供的两栖无人船载无人机系统，通过在载机平台上设置横转系统和纵夹系统，使无人机在无人船上方便快速地实现位置调整和机身紧固；同时，车轮系统的设置为无人机提供了稳定的平台，提高了无人机起降的成功率。