本发明涉及无人船技术领域，具体涉及一种两栖无人船的燃油分配系统及分配方法，其中，所述燃油分配系统包括主控系统、燃油箱、分配系统和监测系统，燃油箱设置至少两个；分配系统对应每个燃油箱分别设置加油管、出油管和分配泵，加油管和出油管均与对应燃油箱连通，并分别用于对应燃油箱燃油的输入和输出；监测系统监测各燃油箱的油量并反馈给主控系统，主控系统控制分配系统完成各燃油箱之间的油量分配。本发明提供的两栖无人船的燃油分配系统及分配方法，实现了航行燃油箱和陆机燃油箱间的油量共享，提高了燃油使用效率和续航能力，且通过均衡调控船体两侧的油箱油量，提高了船体作业时的稳定性。