本发明公开了一种船舶尾气处理系统旁通装置及处理方法，属于船舶发动机尾气处理技术领域，包括船舶辅机排气管、船舶锅炉排气管、船舶主机排气管、稳压箱、后处理装置管道、挡板、电磁阀单元、烟气旁通管道及附属管道和控制线路。船舶发动机废气汇流后进入稳压箱缓冲，挡板在电磁阀的控制下，选择性关闭烟气旁通管道或后处理装置管道，使得烟气汇入不同的出口。本发明采用电磁阀控制双面挡板，可在关闭一个管道的同时打开另一个管道，船舶可根据需要在排放控制区域内选择性打开废气后处理装置。本发明解决了船舶发动机废气压力波动导致的泄露率高的问题，烟气无回流，安全可靠，装置成本低且寿命长，同时减少了背压的影响，具有良好的发展前景。