本发明公开了一种近空间可变翼飞行器自适应小翼切换控制系统及工作方法，属于航空航宇推进控制技术领域。本发明针对近空间可变翼飞行器的速度与姿态稳定跟踪控制问题，并考虑可变翼结构对建模的影响以及小翼伸缩过程的切换控制问题。由飞行器的非线性模型，得到状态方程表达式，根据速度与俯仰角的相对阶次，建立自适应控制系统的参考模型。设计的自适应控制器包括标称控制器与自适应更新模块，其中自适应更新模块自动更新控制器参数，使小翼切换前后平滑过渡。本发明可以保证闭环系统的全局稳定，并且使系统拥有良好的跟踪性能和鲁棒性能。