本发明公开了一种基于二阶奇次重复控制器的磁悬浮转子奇次谐波电流抑制方法，首先建立了含有转子质量不平衡和传感器谐波的磁悬浮转子动力学模型，其次采用了基于二阶奇次重复控制器(以下简称SOORC)的磁悬浮转子奇次谐波电流抑制方法。SOORC具有针对奇次谐波频率抑制的二阶内膜结构，可以改善谐波频率变化或不确定条件下的谐波抑制能力，即提高系统对谐波频率变化或不确定条件下的控制鲁棒性。本发明还采用相位滞后‑超前补偿对系统的稳态性能以及动态性能进行了改善，可以实现对磁悬浮转子中磁轴承线圈产生的奇次谐波电流分量进行抑制，适用于存在转子质量不平衡和传感器谐波的磁悬浮转子系统奇次谐波电流分量的抑制。