本发明公开了一种免光瞳调制的共轴干涉表面等离子体显微方法及系统，包括沿光路依次布置的：相干照明光源、偏振调制装置、扩束装置、样品夹持装置、微纳移动扫描装置、共聚焦光阑、成像透镜组与图像传感器。在样品离焦过程中，与显微物镜的焦面共轭的图像传感器上检测到干涉信号即V(z)曲线。由于系统的通光孔径有限造成的边缘干扰效应对V(z)曲线的周期存在影响，本发明采用陷波滤波的方式消除其影响，其中陷波滤波器的带宽和中心频率与系统的数值孔径线性相关。本系统能够实现横向和轴向分辨率分别在半波长和亚纳米量级的超显微检测，具有免光瞳调制、系统简单、成本低，能够快速实现高分辨率成像等优点。