本发明公开了一种基于有限维重复控制(FiniteDimensionalRepetitiveControl,FDRC)的磁轴承系统多谐波振动抑制方法，该方法包括如下步骤：首先建立包含转子不平衡和位移传感器谐波噪声SensorRunout的两自由度磁轴承系统转子动力学模型；其次利用线圈电流和位移传感器信号构建振动力，并作为一阶FDRC的被控变量，实现同频振动力抑制；然后设计并联式FDRC实现高阶次谐波振动力抑制，最终实现两自由度磁轴承系统谐波振动抑制。本发明能够克服了传统重复控制中低通滤波器对振动抑制精度与系统稳定性的影响；克服了功放低通特性对振动抑制精度的影响，且不需要再对功放系统另外设计补偿环节；可以根据系统振动力要求合理选择FDRC的阶数，减小计算量。