本实用新型公开了一种应对细短轴的同轴度调节机构，包含第一夹紧模块、第二夹紧模块、第一刻度标尺、第二刻度标尺、调整销和三轴调整模块；第一夹紧模块、第二夹紧模块均包含夹紧轴套、调整鞘管和锁紧销；夹紧轴套包含开口圆管、两个夹紧片、夹紧螺栓和夹紧螺母；三轴调整模块包含固定框、调整框、调整板和刻度芯棒。本实用新型能够进行三轴调整，通过角向偏差调整、平行偏差调整克服了发动机与测功机连接的同轴度的问题，提高了同轴度调整效率，降低了调整成本。