本发明公开了一种适用于多同步域时间触发以太网的主从时钟同步方法，所述方法包括的步骤有：同步域集群中距离高精度外部时钟跳数最近的集群接收外部PCF帧；属于本集群内的CM广播外部PCF帧到本集群内的各个同步设备；属于本集群内的同步设备接收外部PCF帧，并计算时间准确度因子；属于本集群的同步设备在下一个时钟同步周期开启时，进行时间准确度校正；同时在该同步周期的时钟校正时刻点修正时钟同步因子；属于本集群内的输出端SM以接收到的外部PCF帧的固化时刻为派发时刻，派发内部PCF帧到属于同一同步域集群的下一级集群中；遍历完所述同步域集群中其他集群，保证同步域集群中各个集群之间的主从时钟达到同步。利用本发明方法提供时间准确度校准服务，并且建立多级的时间准确度校准机制，可扩展到多同步域网络，为大规模时间触发网络提供时钟校准服务。