本发明公开了飞行事故模拟环境下飞行员无缝介入方法与系统，属于飞行模拟的技术领域。该方法，首先建立电动操纵负荷系统的数学模型，接着采用干扰观测器检测外部介入力，在检测到外部介入力后，将系统从FDR数据驱动模式切换至飞行动力学模型仿真数据驱动模式，采用改进的牛顿拉夫逊算法对飞行动力学模型进行实时配平。系统包括电动操纵负荷系统、FDO介入力观测器、IDC控制器、力反馈控制器。采用本发明公开的方法和系统，可以为飞行事故分析过程提供更真实有效的模拟环境，为事故调查分析部门快速定位事故原因、恢复事故现场提供帮助。