本实用新型公开了一种电动助力自行车用电池控制器，包括底板、电机和水缸，所述底板的外侧开设有安装孔，所述物料盒的内部安装有控制器主体，所述连接线的顶端外侧设置有固定卡扣，所述电机设置在物料盒的下方，所述转盘的右侧设置有盛放盒，所述盛放盒的左侧顶端通过转轴与压板连接，所述水缸设置在电机的下方，所述水缸的底端通过气管与气囊连接，所述底板的顶端设置有散热盖板，且散热盖板的外侧设置有水管，所述集水盒设置在物料盒的上方。该电动助力自行车用电池控制器，能够将助力自行车电池控制器固定，避免助力自行车电池控制器的损坏，能够对助力自行车电池控制器冷却，便于助力自行车电池控制器的正常工作。