本发明公开了一种基于复合分数重复控制器的磁悬浮转子谐波电流抑制方法，首先建立含质量不平衡和传感器谐波的磁悬浮转子动力学模型，其次设计复合分数重复控制器，该控制器由双模分数重复控制器和相移陷波器并联构成，双模分数重复控制器包含奇、偶次谐波抑制两条支路，通过分配控制增益的取值可着重抑制奇、偶次谐波，增强动态响应性能，其分数延时环节由分数延时滤波器代替，提高了谐波电流抑制精度，同时引入相移陷波器对基频电流进行额外抑制，减小电流超调，改善谐波收敛速度。本发明能够实现定转速下谐波电流的抑制，适用于存在质量不平衡和传感器谐波的磁悬浮转子谐波电流抑制。