本发明涉及一种空间环境下集成电路闩锁保护系统及方法，属于空间环境下的集成电路领域。为了解决空间环境下的集成电路由于单粒子闩锁产生的电流急剧上升，导致系统很难恢复到未闩锁的状态，并且可能导致器件永久性损坏的问题，空间环境下集成电路闩锁保护系统包括FPGA芯片以及多电源供电集成电路，还包括多路电源限流电路，多路电源限流单元包括限流芯片以及MOS管；MOS管的栅极与FPGA芯片的MOS管控制端连接；MOS管的源极与限流芯片的电压输入端连接；MOS管的漏极与限流芯片的电压输出端连接；限流芯片具有使能端以及过流信号输出端，使能端与FPGA芯片的限流使能控制端连接，过流信号输出端与FPGA芯片的过流处理端连接。本发明适用于航空航天电子设备。