本发明提供了一种软件复杂网络的三维坐标模型构建方法，应用于软件复杂网络领域。本发明首先确定目标结构化软件，并获取其完整的软件源代码，再对目标软件源代码进行静态扫描，分析软件中的函数以及函数之间的调用关系，然后以函数作为网络节点，函数调用关系作为网络边，构建函数调用网络，在函数调用网络中加入函数调用顺序信息，根据函数调用顺序信息以及函数调用拓扑结构，为每个函数节点生成一组唯一的三维坐标并写入网络节点中，得到结构化软件基于函数调用顺序的函数调用坐标网络，然后使用这些三维坐标来指导网络可视化工作。本发明得到的网络节点呈现极强的有序性，能够在复杂网络的模型下提供软件运行相关的逻辑信息。