本发明公开了一种导弹自主编队在队形控制过程中的冲突协调方法，属于飞行器编队导航、制导与控制技术领域。本发明首先给出了编队冲突预测的方法，并以此来预测编队冲突；然后，提出了移动冲突队形位置的冲突协调方法，给出了编队冲突协调指令的约束条件，提出了基于距离的导弹自主编队的群体代价，并设计了编队冲突协调算法的流程，通过优化算法得到的最优的编队冲突协调指令避免了编队冲突和冲突的“链式效应”，并缩短了编队队形形成的时间，保证了编队队形控制的安全、稳定与高效。