本发明提供了一种可垂直起降扑翼飞行器及其飞行控制方法，可垂直起降扑翼飞行器，包括机身的主承力结构和四套结构相同的独立的扑翼机构，四套扑翼机构分布在机身的主承力结构的四个角上，每套扑翼机构均包括叶片、摇杆、连杆、曲柄和电机，所述的叶片通过第一铰链与摇杆连接，摇杆通过第二铰链与机身的主承力结构连接，摇杆还通过第三铰链与连杆连接，连杆通过第四铰链与曲柄连接，曲柄由带有主动齿轮的电机带动，电机输出轴轴线与机身的主承力结构的底面垂直，电机的底座固定在机身的主承力结构上。曲柄、连杆、摇杆和机身的主承力结构组成曲柄摇杆机构。本发明结构紧凑且允许使用高刚性叶片，叶片强度容易保证，能够产生较大的升力，并且飞行控制方法简单。