本发明公开了一种基于不确定优化的飞行器结构功能一体化设计平台系统，由系统框架程序和7个子模块组成，包括气动外形设计优化模块、前舱热防护系统设计优化模块、机翼热防护系统设计优化模块、复合材料冷结构设计优化模块、机翼防热承载一体化结构优化模块、机翼气动/结构/热耦合优化分析模块以及基础数据库模块。该平台在对各结构系统功能进行确定性分析优化、不确定性分析优化的基础上实现一体化设计。该平台还将气动力/热数据库、一体化模型库以及各类算法集成到系统中，为非专业人士进行一体化设计提供了便利的工具。