本发明公开了一种双凸极高压直流起动发电系统及控制方法，属于起动发电技术领域。本发明中的起动发电机包括同轴连接的两段式电励磁双凸极电机、永磁励磁机，两段式电励磁双凸极电机电枢绕组分别与桥式不控整流电路连接后并联，作为起动发电系统的发电输出端，其中第一电励磁双凸极电机三相电枢绕组分别与三相全桥逆变器、推挽正激变换器顺次连接，推挽正激变换器输入端作为起动发电系统的起动输入端，永磁励磁机为励磁绕组提供励磁电流。本发明还公开了上述起动发电机系统的控制方法。本发明发电控制简单，降低了发电输出电压脉动，解决了起动电源电压和发电输出电压不平衡的问题，同时降低了高速起动发电系统起动时的逆变器开关管工作频率。