本发明涉及一种FPGA动态重构方法，包括：利用FPGA读取存储在片外Flash中的不同偏移地址处的配置文件，通过自行编写的状态机将读取到的配置文件写入FPGA内部的ICAP(内部配置访问端口)，以完成FPGA的本地动态重构；利用以太网将各个配置文件传输到FPGA内部并利用编写的状态机将各个配置文件存储在FPGA内部的BRAM中，最后利用编写的状态机将BRAM中的配置文件烧写进片外Flash，以完成FPGA的远程动态重构。本发明相比于常用的实现FPGA动态重构的方法而言，能够使得存储在片外Flash中的配置文件的个数大大提高，片外Flash与FPGA的连接也不受固定管脚的约束，不需要第三方协议芯片的协助，Flash的类型也不受约束。