本发明公开了一种超大型载人航天器AIT中心功能区域配置结构，包括转载间、检漏区、总装与质测区、总装与电测区、力学试验区、热试验区、EMC试验区、主物流通道和总装配套库房，其中，结构整体上呈“工”字形，第一横上依次布置热试验区、检漏区、和力学试验区，这些区域之间彼此连通供超大型载人航天器转运；竖立部分形成中间主物流通道，通道中部一侧有EMC试验区，另一侧有转载间、总装配套库房；第二横上一侧设置电测区，另一侧设置质测区，通道顶部与检漏区连通，中部和下部分别与两侧设置的各区连通。本发明区域布局合理，航天器流转顺畅、路径合理，场地、资源占用、物流等相互协调，应用效果良好。