本发明涉及一种用于微小卫星的磁强计/MEMS陀螺组合系统，包括磁强计子系统、MEMS陀螺子系统、内部控制器子系统、串口子系统和电源子系统；内部控制器子系统对磁强计子系统和MEMS陀螺子系统进行实时信息采集和信息组帧，组帧后得到数据采集帧，并完成内部自守时；当内部控制器子系统接收到上位机通过串口子系统发送的数据采集指令帧时，内部控制器子系统通过串口子系统返回数据采集帧至上位机；电源子系统用于为磁强计子系统、MEMS陀螺子系统、内部控制器子系统和串口子系统供电。本发明可应用于狭小的安装空间内和低负载的载体，在保证卫星在轨稳定运行的前提下，不仅降低单机成本，而且可以降低单机质量，节约发射成本。