本发明提供一种用于大型动物养殖疫病采集预警系统的控制方法，步骤1）构件坐标系；步骤2）规划出飞行路线；步骤3）在每个大型动物的臀部涂抹一圈紫色区域作为识别标识；步骤4）小型无人机搭载病菌检测试纸；步骤5）小型无人机在栏位上空巡航；步骤6）小型无人机返航落入病菌检测区获取有无病菌，以及病菌类型；步骤7）若无病菌，小型无人机飞入无人机仓位充电待机或飞往下一目标栏位进行病菌采集；步骤8）若有病菌，根据检测区检测位置判断病菌类型，将数据存储，并发送至控制中心，同时更新病菌检测试纸。采用该系统实现对大型动物疫病的自动化采集以及防治。