本发明提供一种飞行器异构主动流动控制方法，包括如下步骤：在飞行器上的不同位置布置主动流动控制作动器；获取飞行器上各个位置的流场参数；根据各流场参数制定与各流场参数对应的主动流动控制作动器的控制策略，并根据控制策略控制各主动流动控制作动器运行。通过在飞行器不同部位布置传感器以及具有不同功能的主动流动控制作动器形成异构主动流动控制系统，分别实现飞行器上不同部位的流动控制目标；再控制系统实施控制，使得飞行器上各部位主动流动控制作动器协调工作并发挥最大效率，最终实现飞行器多种并发问题的流动控制。本发明应用于流体力学、空气动力学、流动控制领域。