本发明公开一种两段柔性变体仿生扑翼飞行器。其包括：扑翼驱动装置、尾翼、机身骨架、机身横梁、电源及控制模块、蒙皮以及在所述机身骨架两侧轴对称设置的两个扑翼结构；每一扑翼结构包括：主翼、副翼、主翼关节、以及副翼关节；所述扑翼驱动装置包括无刷电机、两个齿轮组、两个曲柄、以及两个连杆；所述无刷电机固定在所述机身骨架上，所述无刷电机的输出轴与一个齿轮同轴心连接，将动力传递给两个齿轮组，所述两个齿轮组对称分布于所述机身骨架上，两个曲柄分别与所述两个齿轮组连接，所述两个连杆的一端分别与所述两个曲柄连接；所述两个连杆的另一端分别所述两个扑翼结构的主翼连接。本发明能实现高仿生度的扑翼动作，同时提高飞行的稳定性。