本实用新型涉及一种多光谱机载微型光电吊舱系统，包括主控计算机、图像跟踪板、多光谱成像仪、红外热像仪、稳定平台、随动控制系统及供电电源；所述图像跟踪板与所述主控计算机电连接，所述多光谱成像仪、所述红外热像仪及所述随动控制系统均与所述图像跟踪板电连接，所述稳定平台与所述随动控制系统电连接；所述主控计算机、所述图像跟踪板、随动控制系统均与所述供电电源电连接；本实用新型在对目标区域进行热图检测的同时可采集到普通相机所看不到的细节，提升了信息获取能力；采用MEMS陀螺仪配合方位电机、俯仰电机两个电机稳定红外热像仪、多光谱成像仪，隔离载机的扰动，能提升载机在振动环境下获得稳定的视频图像的性能。