本发明涉及针对小型无人机多源复合振动干扰的系统滤波方法，首先，利用受振动干扰的加速度传感器数据和捷联式惯性导航的速度更新方程求解地理系下受干扰的三维速度其次，以地理系下三维速度为状态量，建立捷联惯性/卫星组合导航系统状态模型，并设计针对组合导航系统振动干扰的干扰观测器；再次，将作为干扰观测器的输入，利用干扰观测器输出的地理系下干扰估计值反馈补偿干扰加速度得到补偿后加速度矢量最后，利用陀螺仪输出数据与加速度完成捷联惯性/卫星组合导航系统惯导解算与Kalman组合滤波过程。本发明适用于小型无人机在发动机多源复杂振动环境下的导航。