本发明提供了一种变相位扑动机构及仿蜻蜓扑翼飞行器，包括主体支架及固定在所述主体支架上的螺旋机构和旋转驱动机构，所述螺旋机构包括螺杆、与所述螺杆一端适配的螺母、与所述螺母一侧固定连接的滑轨、与所述滑轨适配的滑块及驱动所述螺母沿所述滑轨前后移动的滑移驱动机构，所述旋转驱动机构包括驱动电机及连接所述驱动电机与所述滑块的传动机构。本发明结构简单，便于制造，成本低，能够使扑翼飞行器在飞行过程中改变扑动参数，从而改变飞行器的飞行姿态，实现不同的扑动功能，使其可悬停飞行，其增强了灵活性，提高了该种仿蜻蜓扑翼飞行器在军事侦察、复杂地形观测等领域的应用价值。