本实用新型提供了一种高空无人机燃料电池气体安全系统，属于航空航天器能源系统领域。该高空无人机燃料电池气体安全系统设置在燃料电池系统的密闭环境舱的内部，该系统包括气体监测模块、安全保障模块、应急处理模块和安全控制器；所述气体监测模块用于监测密闭环境舱内的氢气和氧气的浓度，根据氢气和氧气浓度获得氢气和氧气的浓度增加速度，并能够向无人机主控器和地面基站发射信号；所述安全保障模块用于提供正压环境，并促进泄漏气体循环流通；所述应急处理模块用于对泄漏的氢气和氧气进行催化反应以及吸附多余的氧气；所述安全控制器分别与气体监测模块、安全保障模块连接；其接收气体监测模块的信号，并根据接收的信号发出指令控制安全保障模块。