本发明提供一种基于外啮合行星齿轮减速器的移动副扑翼驱动机构，包括机架、电机、平行齿轮减速器、外啮合行星齿轮减速器、盖板和移动副连杆摇臂机构，其中，电机安装在机架上，驱动平行齿轮减速器，外啮合行星齿轮减速器通过曲柄轴孔和传动轴孔安装在由机架下半部分和盖板构成的内部空间，平行齿轮减速器通过传动轴驱动外啮合行星齿轮减速器，外啮合行星齿轮减速器通过曲柄连接移动副连杆摇臂机构驱动扑翼。本发明中，采用行星齿轮减速器减速和移动副连杆摇臂机构传动，传动效率高且相对平稳；其设计结构紧凑，零部件少，大大提高了飞行器飞行可靠性。