本发明提供一种基于新型合成双射流激励器的超声速边界层转捩控制方法，在超声速飞行器表面或者进气道等需控制边界层转捩的区域安装新型合成双射流激励器，在超声速飞行器飞行过程中，开启新型合成双射流激励器，新型合成双射流激励器产生的扰动波和射流涡能够对边界层内产生扰动，其中扰动波能够修正边界层，射流涡能够抑制边界层中的发卡涡涡头的上抛运动和流向涡的上喷下扫运动，从而有效实现对超声速边界层转捩的“波控”与“涡控”，从而实现对边界层转捩的主动控制。本发明形成射流的扰动波与涡量同时作用于边界层，提高了合成射流对超声速边界层流动的控制能力，可实现低动量合成射流对超声速边界层转捩的有效控制。