本发明涉及压力辅助式电解加工微坑阵列的系统及方法，属微细电解加工领域。该方法包括：具有通孔阵列的柔性模板（2）贴在阳极工件（3）上，装夹阴极工具（7）和阳极工件；加工前打开第三阀门（5）和第二阀门（11），开启泵（13），通入电解液，排除工作腔内的气体，然后关闭出液口处的第三阀门（5），调节的第一阀门（12），使进液口处的电解液压强稳定，最后接通电源（1）进行电解加工。采用本方法进行电解加工，夹具工作腔内的电解液处于高压状态，压强为0.3‑1MPa，阳极工件上方的流场稳定。利用电解液的压力，柔性模板紧密贴合在工件表面，减少杂散腐蚀。该方法可有效提高微坑阵列的加工精度。