本发明提供一种基因调控网络的优化控制方法，包括：在概率模型检测器PRISM中对带有干扰的并且上下文相关的概率布尔网络进行建模，得到基于PRISM的概率布尔网络模型；利用所述PRISM中的reward结构对所述概率布尔网络的状态设置不同的状态回报值，所述状态回报值用于表征控制成本函数和终端成本；确定分别对有限范围和无限范围进行控制成本优化的第一时序逻辑公式和第二时序逻辑公式；将所述基于PRISM的概率布尔网络模型、所述不同的状态回报值以及所述第一时序逻辑公式和第二时序逻辑公式输入所述概率模型检测器PRISM中，得到最优的优化控制结果。本发明提供的一种基因调控网络的优化控制方法，能够在占用较低内存的同时，提高获取最优的优化控制结果的效率。