本发明公开了一种生物反应器用的防堵塞冷凝器，其结构包括进液口、集液管、排气口、换热器、进气口、连接座、连接管，进液口设于集液管的一侧，集液管、换热器以及连接座、连接管内部相通，换热器中设有进气口与排气口，连接座内设置有边槽、导出口、分隔板、出液口，导出口设于换热器内壁面底部，边槽与导出口固定，分隔板与边槽焊接在一起，出液口连接于边槽，换热器内设有冷凝管、进气管、密封层，导出口沿着换热器内壁面设计，导出口与弧形的边槽配合，将冷凝下来的液体物因重力沿壁面下落时可直接通过导出口导出，避免沉淀物与生物油混合在一起，维持生物油在管内的流动性，减少堵塞物的形成。