本发明提供一种适用于农用车的手动遥控两用变速箱及其操控方法，该变速箱中，X轴执行机构、Y轴执行机构具有供速度档位拉杆完成换档动作的矩形内腔，第一X轴自回位液压缸的液压杆与X轴执行机构连接，X轴自回位液压缸通过X轴执行机构控制速度档位拉杆在X轴上摆动，第一Y轴自回位液压缸通过Y轴执行机构控制速度档位拉杆在Y轴上摆动，当X轴执行机构、Y轴执行机构位于起始位置时，速度档位拉杆可在手动控制下完成换挡动作。本发明可适用于农用车，尤其是适用于山地丘陵地形作业的履带式农用车手动操作和遥控操作的无缝衔接，有效解决了现有遥控农用车不能进行手动和遥控交叉操作的弊端。