本发明公开了一种电喷摩托车低速低负荷控制系统，包括怠速识别子系统、工况识别子系统、气量控制子系统、点火角控制子系统和闭环控制子系统；怠速识别子系统用于控制EMS主系统退出怠速控制；工况识别子系统用于识别低速低负荷工况并发送低速低负荷工况信号；所述气量控制子系统用于控制进行量；所述点火角控制子系统用于减小怠速PID调节范围；所述闭环控制子系统用于控制车速平稳过渡。本发明针对低速低负荷工况进行系统控制优化，能够避免车辆在城市道路行驶过程中反复进出怠速控制，反复使用过渡控制功能，使车速在低速低负荷工况下平稳过渡，避免严重顿挫，在提升驾驶感受的同时，也能减少油耗，实现节能减排。