本实用新型提供了一种用于高空无人机燃料电池模块的热管理系统，属于航空航天器能源系统领域。所述高空无人机燃料电池模块包括燃料电池反应堆、氧气供气系统和氢气供气系统，所述热管理系统包括换热器和散热系统；所述燃料电池反应堆产生的余热一部分通过换热器对氢气和氧气加热，另一部分通过散热系统对燃料电池反应堆所处的环境空间加热；所述燃料电池反应堆为风冷燃料电池反应堆或液冷燃料电池反应堆，所述风冷燃料电池反应堆包括封闭式风冷燃料电池反应堆和开放式风冷燃料电池反应堆。