本发明提供了一种发动机配气系统、发动机及车辆，涉及气门控制的技术领域，发动机配气系统包括控制机构、执行机构和检测机构；检测机构包括活塞位置传感器和曲轴转速传感器，控制机构与活塞位置传感器、曲轴转速传感器和执行机构分别电连接。本发明采用活塞位置传感器，结构简单，且控制更加灵活；并且由于气缸的活塞位置能够直接反应气缸的燃烧室内的状态，并结合发动机的曲轴的转速，更加贴合实际发动机的运行需求，进而提高了发动机的燃油经济性，并改善了排放。