本发明公开了一种工程机械电动液压油散热器的控制系统及控制方法，控制系统包括有控制单元，分别与控制单元连接的发动机电子控制单元、设置于电动液压油散热器液压油入口处的温度开关、散热器控制开关和继电器，以及连接于发动机电子控制单元上的发动机凸轮轴转速传感器；电动液压油散热器的驱动电机通过继电器与供电电源连接。本发明结合工程机械发动机的运转情况、散热器控制开关和温度开关的状态自动控制电动液压油散热器，防止发动机停止后，忘记关闭液压油散热器，造成蓄电池亏电的问题；本发明控制系统结构简单，不需要增加额外的组件和成本，且控制自动化程度高。