本发明提供了一种分子泵轴承结构，包括纵向弹簧、弹簧压盖、减振环、轴承座、侧向弹簧圈、吸能胶圈、紧固件、底部压盖、轴承以及主轴；轴承座内部设置有轴承安装腔，轴承设置于轴承安装腔内并能够相对轴承安装腔轴向运动，轴承外圈与轴承安装腔的内壁间隙配合，轴承内圈通过紧固件固定于主轴上，主轴通过轴承支撑在轴承座上；轴承外圈过盈套设于减震环内,减振环套设于侧向弹簧圈与吸能胶圈连接形成的散热胶圈内，散热胶圈与轴承安装腔内壁连接；所述轴承座的一端与底部压盖匹配连接，轴承座的另一端设置有弹簧压盖，弹簧压盖与减振环的端面之间设置有一个或多个纵向弹簧。本发明可明显减小轴承振动，有效的帮助轴承散热，从而延长轴承寿命。