本发明提供一种中继信道物理层网络编码的时钟估计方法，所述方法包括：通过各自的通信信道发送包含训练序列的通信信号到中继节点；中继节点对各终端通信节点发送的多路叠加信号进行采样得到采样信号，采样信号经匹配滤波器滤波后输出接收向量；采用训练序列和接收向量计算出不同通信信号的定时函数估计值，利用定时函数值与时间偏移值的关联关系，确定出各个终端通信节点发送的通信信号的时间偏移估计值，实现时间偏移的低复杂度、低波特率采样估计。本发明方法的时钟估计性能良好，在信噪比为20dB时，本发明的估计算法的均方误差性能可达到10‑4。