一种基于高度变化改变流量的高效节能灌溉系统及方法，包括驱动装置、传动装置、装载装置、检测装置、CPU和GPS，其中，驱动装置为两相步进电机，传动装置由联轴器、滚珠丝杠、套筒、螺栓组成，装载装置为工业塑料箱体，检测装置为位移测量传感器。CPU根据GPS反馈回的高度，调整步进电机旋转角度，步进电机通过联轴器与滚珠丝杠配合，精确控制螺母在螺杆上的位置，套筒与螺母利用螺栓紧配，达到随动效果，从而实现与套筒相连的箱盖的水平运动，改变喷口的大小，位于箱盖上的位移测量传感器实时监测箱盖位移量，保证喷口大小与设置量相同。本发明灌溉系统为农业高工效施药技术与智能化装备的一种，具有控制简单、精确度高等特点，可广泛应用于农业航空低空灌溉系统。