本发明涉及一种磁悬浮转子高精度现场动平衡方法，首先，建立磁悬浮转子绕几何轴旋转时校正质量与径向四通道同频控制电流的关系；然后，分别在平衡面A、平衡面B、平衡面A和平衡面B进行三次试重，每次加重后都升速到相同转速，使磁悬浮转子实现绕几何轴旋转的情况下，测量并提取径向四通道的同频控制电流；最后，计算出校正质量的大小和位置，在平衡面A和平衡面B上进行相应的不平衡质量的动平衡操作。本发明提出的现场动平衡方法，可直接对特性参数未知的刚性磁悬浮转子进行动平衡操作，步骤简单、效率高。