本发明提供了复合式电磁驱动全可变配气机构控制系统及其控制方法，针对气门的开启阶段实施以下步骤：在前半行程阶段，采集缸内气体压力值，预设气门开启速度，由ECU计算气门开启所需电磁力，若所需电磁力超过阈值，电磁直线作动器与双作用电磁铁均通电工作，ECU控制二者的线圈电流，为气门提供沿开启方向的电磁合力，推动气门运动；若所需电磁力未超过阈值，仅电磁直线作动器通电工作，ECU控制其线圈电流，为气门提供沿开启方向的电磁力，周期性采集气门位移信号和电流信号，计算气门运动速度并实时调节线圈电流；在气门开启后半行程阶段，双作用电磁铁停止通电，电磁直线作动器反向通电，为气门提供反向加速度，直至达到行程终点。