本发明公开了一种基于时间交错采样的高速高精度数据采集系统，其包括信号阻抗匹配转换模块(1)、时钟产生模块(2)、FPGA芯片(3)、DSP芯片(4)、高速差分信号接口模块(5)和千兆网口传输模块(6)。时间交错是指对于两路相位差为180度的时钟信号作为采样驱动信号，所述采样驱动信号的上升沿交替出现，ADC芯片由所述采样驱动信号的上升沿作为触发进行采样，使时钟信号的频率产生倍频效果。本发明系统采样速率最高可到800MHz，采样位数14bit，能够完成对任何输入信号的数字化采集。