本发明涉及一种PDMS微孔阵列模板制备方法，属微细制造领域。该方法包括：a、使用激光加工制作微孔阵列金属薄板（3）；b、使用环氧树脂胶（2）填充微孔阵列金属薄板（3），固化后得到环氧树脂与微坑阵列金属薄板结合体；c、将微孔阵列金属薄板（3）作为阳极，使用电解加工方式初步去除金属材料，电解加工结束后，放在盐酸中腐蚀去除剩余的金属；d、使用PDMS胶（10）填充环氧树脂模具（9），固化后将PDMS与胶带（11）和环氧树脂模具（9）分离。该发明采用环氧树脂作为微群柱模具，可以大批量制备PDMS微孔阵列模板，所制备的PDMS微孔阵列模板可用于微坑阵列的大面积电解加工，增强加工定域性。